Deşi conţine în mare parte apă, pepenele roşu mai are în compoziţie şi zaharuri naturale greu de digerat, cum ar fi fructoza, care favorizează formarea gazelor intestinale. În plus, multă lume mănâncă pepenele roşu cu tot cu seminţe, care pot îngreuna tractul intestinal, ducând la balonare şi crampe abdominale.