Lipsa de magneziu crește riscul de osteoporoză. Boala oaselor fragile, așa cum mai este numită osteoporoza, ar putea fi favorizată și de lipsa de magneziu. Alți factori de risc implicați în apariția osteoporozei sunt vârsta înaintată, sexul feminin, lipsa de mișcare și alimentația săracă în vitaminele D și K. Carența de magneziu slăbește rezistența oaselor, dar are impact și asupra calciului din sânge, atât de important pentru sistemul osteo-articular. Studiile au arătat că lipsa de magneziu este asociată cu scăderea densității minerale osoase.